Probiootikumid ja prebiootikumid on kaks erinevat asja, mida ühendab see, et need väidetavasti toetavad soolestiku mikofloora tervist ja tasakaalu. Soolestiku mikrofloora on need mikro­organismid, mis elavad seedetraktis ning kuhu kuuluvad eriti bakterid ja seened. Mikro­organismid mängivad väga olulist rolli meie tervise jaoks. Mikroobide koosluse tasakaalust välja minek võib suurendada diabeedi, maksa­haiguste, soolevähi ja ka psüühiliste haiguste, näiteks depressiooni riski. Põhjus on ka selles, et need organismid mõjutavad toidu lõhustamist soolestikus ja seega ka seda, millised ained imenduvad läbi sooleseinte organismi.

Probiootikumid on elusad bakterid meie toiduainetes, nt piim­happebakterid jogurtis. Need võivad soolestikus kanda kinnitada ja pärssida seal haigusi tekitavate bakterite vohamist. Teadlased teavad mikroobide koosluse mõju kohta meie tervisele siiani üsna vähe, aga uuringud viitavad, et teatud tüüpi probiootikumid võivad aidata ennetada mõningaid kõhulahtisuse ja põletiku vorme soolestikus.

Erinevalt probiootikumidest ei ole prebiootikumid elus. Selle asemel on tegemist kiudainete või teiste seedimatute osadega toidus, mis pakuvad toitu kasulikele soole­bakteritele.